Lipidendag | Update genetische diagnostiek: wat is de opbrengst?

De gouden standaard in genetische diagnostiek is Sanger sequencing, waarbij een stukje DNA uit een gen gesequenced wordt. Bij next generation sequencing kan het hele genoom in één keer worden bekeken. Hiervoor wordt het DNA in tienduizenden stukjes gebroken en wordt er aan de uiteinden een stukje DNA gezet als beginpunt van de sequencing reactie. Wanneer er ook nog ‘barcodes’ worden toegevoegd is er terug te voeren van welke persoon het stukje DNA komt. Met de capture techniek kan door middel van hybridisatie een selectie worden gemaakt van alle stukjes DNA en dus een definitie gevormd worden van genen die gesequenced moeten worden. Met next generation sequencing kunnen een groot aantal DNA fragmenten van honderdtallen genen van heel veel patiënten tegelijkertijd gesequenced worden.

Het genpanel in het dyslipidemie pakket in de Amsterdam Centers bestaat uit 29 genen (met 400-700 varianten), waarvan bekend is dat ze betrokken kunnen zijn bij lipidenaandoeningen. Er is geen panel voor verschillende lipidenaandoeningen; het hele pakket wordt toegepast op alle aanvragen.

Defesche presenteerde de resultaten van de aanvragen voor lipidendiagnostiek die verwerkt zijn met next generation sequencing de afgelopen 2 jaar. Van de 4227 aanvragen was de helft van de aanvragen negatief. Na uitsluiten van diegenen die positief waren voor het statine-intolerantie gen (SLCO1B1), was ongeveer een derde positief voor een pathogene variant (1363 patiënten). Een heel klein aantal was positief voor 2 (168 aanvragen) of 3 (11 aanvragen) varianten. Hij liet een verdeling zien van positieve uitslagen; het meest voorkomend zijn varianten in LDLR- (34%) en LPL- (28%) genen. Wanneer werd gekeken naar positieve uitslagen per dyslipidemie, waren familiaire hypercholesterolemie (FH) (680 uitslagen) en HRTG (623 uitslagen) het meest voorkomend. Er waren 55 uitslagen met copy number variatie, met deleties of duplicaties van een groot deel van een gen, wat vaak een duidelijk, ernstig fenotype geeft. Het merendeel bestond uit copy number variaties in het LDLR-gen (38 aanvragen).

Er werden 3620 aanvragen gedaan voor patiënten met een indicatie voor FH, waarbij 71% negatief was en slechts 18% daadwerkelijk FH had. Van alle aanvragen waren 1052 positief voor pathogene varianten. Voor de meerderheid werd een variant in FH pathogenen gevonden, maar 32% had een variant in TG pathogenen (50% daarvan in het LPL-gen), wat feitelijk dus HRTG is. Defesche vond het opvallend dat er ook (dominante) varianten in het ApoE-gen werden gevonden.

Er werden 229 aanvragen gedaan voor patiënten met een indicatie voor HRTG. De helft was wild-type, 41% had daadwerkelijk HRTG en 2% had HC. Van alle aanvragen hadden 55 varianten in het LPL-gen of genen betrokken bij HDL metabolisme. Het overgrote deel (84.6%) had varianten in HRTG-genen. Er werden 63 aanvragen gedaan voor indicaties voor familiaire dysbetalipoproteïnemie (FD). De helft was wild-type, 12% had echt FD en de meeste pathogene varianten kwamen voor in APOE- en LPL-genen. Er werden ook een paar positieve uitslagen gevonden voor LDLR-varianten. Uiteindelijk bleek 22% HRTG te hebben, 8% HC en 5% afwijkingen in het HDL metabolisme. Er werden 155 aanvragen gedaan voor indicaties voor familiaire alfalipoproteïnemie (HOALP), waarvan de helft negatief was, 24% echt HOALP had, 18% HRTG en 7% HC.

Defesche concludeerde dat er meestal geen genetische oorzaken zijn voor dyslipidemie, gedeeltelijk is dyslipidemie secundair. Vaak worden genetische testen aangevraagd om erfelijkheid uit te sluiten. Het lijkt erop dat genetische dyslipidemieën elkaar klinisch overlappen of elkaar imiteren, en Defesche vroeg zich af of er daarom revisie in de klinische diagnostiek nodig is. En wat is de oorzaak van de overlapping? Hij opperde dat dit waarschijnlijk komt omdat alles met elkaar verbonden is.

Faculty

Dr. ir. Joep Defesche (Dyslipidemie groep van het Laboratorium Genoomdiagnostiek Klinische Genetica, Amsterdam UMC, locatie AMC)